Первоначально ЭМ были разработаны и использовались в качестве добавки в почвы, а также при выращивании овощей и фруктов. В 80-х годах были проведены эксперименты по применению ЭМ в других областях, которые показали их эффективность в решении разнообразных экологических проблем. Микроорганизмы находятся в изобилии всюду и оказывают большое влияние на биологические и химические процессы на то, как протекают процессы гниения, брожения, окисления и болезни любой биосистемы. До развития ЭМ технологии не существовало возможности эффективно управлять этими микробными популяциями в крупных масштабах. Таким образом, ЭМ стали революционным инструментом для управления доминирующими микробными популяциями и увеличения эффективности большинства естественных систем.

В середине 80-х годов исследователи и фермеры, занимающиеся разведением домашнего скота в Японии, начали проверять возможности ЭМ воздействовать на запахи и перерабатывать отходы жизнедеятельности животных. Эти работы продолжаются и в настоящее время.

В ходе исследований ЭМ показали себя как эффективный пробиотик, пригодный для обработки отходов путем биологического воздействия. Одним из наиболее ценных вкладов ЭМ в животноводство является эффект дезодорирования с учетом ограниченных средств, выделяемых для выращивания домашней птицы. ЭМ устраняют запахи, доминируя над гнилостной микробной средой с помощью организмов, которые используют путь ферментации и поэтому не дают зловонного запаха.